Setnakhte không có bất cứ mối quan hệ nào giữa 2 vị pharaon tiền nhiệm là Siptah và Twosret. Ông có thể đã chiếm ngôi trong khi đất nước Ai Cập rơi vào khủng hoảng và bất ổn chính trị; hoặc ông đã lấy một nữ nhân trong hoàng gia để lên ngôi một cách thức.

Tiy-Merenese là hoàng hậu duy nhất của ông, bà có thể là con gái của Merneptah. Setnakhte và Tiy đã có với nhau một con trai, về sau lên ngôi trở thành Ramesses III.